W 1472 ks. Jan Długosz sprowadził na Skałkę mnichów z Zakonu Świętego Pawła Pierwszego Pustelnika. Z woli Bożej są oni tu nieprzerwanie po dziś dzień, tworząc ważną część historii pulińskiego Zakonu.
W 1653 r. paulini otrzymali pozwolenie od Stolicy Apostolskiej na otworzenie domu studiów filozoficzno – teologicznych. Los padł na Skałkę. Tak więc studia paulińskie mają swój początek właśnie tu, na Skałce, pod królewskim Wawelem, pod skrzydłami opieki św. Michała Archanioła wespół ze św. Stanisławem, biskupem i męczennikiem ze Skałki.
I tak oto, przeszło 350 lat krakowska Skałka jest związana ze studiami, które obejmują filozofię – 2 lata i teologię – 4 lata, jako etap formacji przyszłych kapłanów – paulinów.