W 1472 ks. Jan Długosz sprowadził na Skałkę mnichów z Zakonu Świętego Pawła Pierwszego Pustelnika. Z woli Bożej są oni tu nieprzerwanie po dziś dzień, tworząc ważną część historii pulińskiego Zakonu.
W 1653 r. paulini otrzymali pozwolenie od Stolicy Apostolskiej na otworzenie domu studiów filozoficzno – teologicznych. Los padł na Skałkę. Tak więc studia paulińskie mają swój początek właśnie tu, na Skałce, pod królewskim Wawelem, pod skrzydłami opieki św. Michała Archanioła wespół ze św. Stanisławem, biskupem i męczennikiem ze Skałki.
I tak oto, przeszło 350 lat krakowska Skałka jest związana ze studiami, które obejmują filozofię – 2 lata i teologię – 4 lata, jako etap formacji przyszłych kapłanów – paulinów. Różne burze dziejowe sprawiły, że nie zawsze na Skałce odbywało się przygotowanie paulińskich kandydatów do kapłaństwa. Jednak to miejsce pokoleniom paulinów kojarzy się z jednym: Seminarium. Nazwa ta kryje w sobie niezwykłą tajemnicę drogi ku jeszcze większej tajemnicy Chrystusowego Kapłaństwa. Tajemnica i dar, które dojrzewają w murach skałecznego seminarium. To tu stajemy się kapłanami, tak, bo moment święceń kapłańskich jest przypieczętowaniem tej prawdy. Tu poznajemy Najświętszego Kapłana, Jezusa Chrystusa i to nie tylko przez studia. Owszem, one są ważne, ale nie najważniejsze. Mnich – kapłan to nade wszystko człowiek modlitwy. Tak więc seminarium to wielka szkoła modlitwy, gdzie dojrzewa nasze powołanie, gdzie pogłębia się nasza przyjaźń z Bogiem. A modlitwa, nasze spotkanie z Jezusem jest przede wszystkim codzienną Eucharystią oraz chórową modlitwą brewiarzową. To fundamenty życia duchowego wspólnoty zakonnej.
